Если на диске присутствует файл CONFIG.SYS, то программа инициализации, входящая в состав файла IO.SYS или WINBOOT.SYS, просматривает его несколько раз. В процессе первого просмотра выполняются операторы DEVICE (в том порядке, в котором они записаны) и загружаются указанные в них драйверы. В процессе второго просмотра выполняются операторы INSTALL (в том порядке, в котором они записаны) и загружаются и выполняются указанные в них программы. В процессе третьего просмотра исполняется оператор SHELL, в результате чего загружается указанный в нем командный процессор с заданными параметрами. Если оператор SHELL не включен в файл CONFIG.SYS, то в этом случае загружается процессор COMMAND.COM (т.е. первый встреченный в корневом каталоге загрузочного диска файл с указанным именем) с параметрами, принятыми по умолчанию. При загрузке командного процессора программа инициализации стирается из памяти (поскольку ее миссия на этом заканчивается). В Windows 95/98 программа C0MMAND.COM загружается лишь тогда, когда на диске существует файл AUTOEXEC.BAT, поскольку только в этом случае могут быть выполнены записанные в нем команды. В процессе последнего просмотра исполняются в заранее определенном порядке все остальные операторы. Поэтому порядок появления в файле CONFIG .SYS прочих операторов, кроме DEVICE, INSTALL и SHELL, не имеет значения. Кроме того, программа инициализации, входящая в состав файла WINBOOT.SYS, разыскивает и просматривает файл реестра SYSTEM.DAT.
Если на диске присутствует файл AUTOEXEC.BAT, то командный процессор COMMAND.COM запускает его на исполнение. После выполнения команд, включенных в файл AUTOEXEC.BAT, появляется приглашение командной строки DOS (если только при исполнении AUTOEXEC.BAT не будет вызвано какое-нибудь приложение или программа-оболочка — в этом случае пользователь может приступить к работе, вообще не увидев командной строки DOS). Если файл AUTOEXEC.BAT отсутствует, то процессор C0MMAND.COM выполняет встроенные команды DATE и TIME, выводит сообщение об авторских правах и появляется приглашение командной строки DOS, из которой вы можете запустить прикладную программу или ввести какую-либо команду. Запустить приложение или программную оболочку (например, Windows 3.x) можно и из файла AUTOEXEC.BAT. В Windows 95/98 при выполнении программы инициализации, входящей в состав файла IO.SYS или WINBOOT.SYS, автоматически загружаются драйверы HIMEM.SYS, IFSHLP.SYS и файл SETVER.EXE. Последним запускается на исполнение файл WIN.COM, и начинается сеанс работы Windows.