Если с загрузочным сектором тома DOS проблем не возникает, то загружается на исполнение файл IO.SYS (или IBMBI0.COM). Если в системе установлена ОС Windows 9х/Ме, то аналогом IO.SYS может быть файл WINBOOT.SYS, который и будет запущен на исполнение. Напомним, что в файл IO.SYS входят программы низкого уровня, взаимодействующие с BIOS и дополняющие ее: драйверы клавиатуры, принтера и т.п. Кроме того, частью файла IO.SYS является программный код инициализации, который исполняется только при запуске системы. Эта программа копирует саму себя в максимально удаленную область не фрагментированной основной памяти DOS и передает управление этой копии. На следующем этапе выполняется загрузка файла MSDOS.SYS (или IBMD0S.COM), причем осуществляется она таким образом, что код MSDOS.SYS замещает в памяти ту часть файла IO.SYS, в которой содержится код инициализации (поскольку в этой области памяти он больше не нужен). После загрузки файла MSDOS.SYS (ядра MS-DOS) исполняется его программный код, в результате чего происходит запуск драйверов основных устройств, определяется состояние аппаратной части, происходит сброс дисковой подсистемы, сброс и инициализация внешних коммуникационных устройств (параллельного и последовательных портов) и устанавливаются принятые по умолчанию значения параметров системы. В итоге все основные компоненты MS-DOS оказываются загруженными в память, и управление возвращается программе инициализации файла IO.SYS (WINBOOT.SYS).